Высокобалльные работы учащихся, сделанные в ходе единого государственного экзамена были перепроверены федеральной предметной комиссией. В результата в 77 процентах случаев найдены значительные ошибки — речь идёт о завышении баллов.

В некоторых работах эксперты нашли совпадения текста решения с текстом решения в другой работе. В ряде случаев проверяющие оценивали невыполненные задания. Такие нарушения зафиксированы в Дагестане, Ставрополье, Брянской области и ряде других регионов.

По сообщению газеты «Коммерсант» Федеральный центр на данный момент перепроверил 1,36 тыс. работ, по итогам первой волны ЕГЭ планируется пересмотреть не менее 5 тыс. работ.

Издание также сообщает и о более серьёзных нарушениях, не имеющих двойного толкования: в 2% перепроверенных работ по биологии в Дагестане отдельные задания в бланке, помимо авторского, выполнены другим почерком. Аналогичная ситуация в ходе проверки выявлена в работах ЕГЭ в Ставропольском крае (математика, 2%) и Республике Ингушетия (13% по математике, 20% по истории). Доходило и до того, что учащимся ставили высокие оценки за несуществующие задания.

Основная волна ЕГЭ в 2013 году была отмечена масштабными утечками заданий в сеть интернет. Многие школьники смогли ознакомиться с вариантами еще до начала экзаменов.